Addition of GABA-ergic neurons to the C elegans data

I use the data given by Varshney et al. in http://mit.edu/lrv/www/elegans/

>> load(‘C:\Hipertec\ablationelegans\datos\Datos_VarshneyEtAl\ConnOrdered_040903(2).mat’)
for c=1:279
ind(c)=find(strcmpi(todas.nombres{c},Neuron_ordered));
end    
>> todas.GABA=logical(GABAergic(ind));
>> todas.nombres(todas.GABA)
ans =
‘AVL’
‘DD01’
‘DD02’
‘DD03’
‘DD04’
‘DD05’
‘DD06’
‘DVB’
‘RIS’
‘RMED’
‘RMEL’
‘RMER’
‘RMEV’
‘VD01’
‘VD02’
‘VD03’
‘VD04’
‘VD05’
‘VD06’
‘VD07’
‘VD08’
‘VD09’
‘VD10’
‘VD11’
‘VD12’
‘VD13’

I check in the original reference, McIntire SL, Jorgensen E, Kaplan J, Horvitz HR (1993) The GABAergic nervous system of Caenorhabditis elegans. Nature 364:337–341. doi:10.1038/364337a0, that these are indeed the 26 identified neurons that belong to the GABAergic system in C elegans.

 

>> save datos_celegans_paradinamica todas

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New compilation of C elegans data from the original Excel files

The old data (stored in datos_celegans_struct) have a symmetrical connectivity matrix. I repeat the extraction from the original Excel files, with a new program:

>> todas=cogedatos_celegans_paradinamica(‘NeuronConnect.xls’,’NeuronFixedPoints.xls’,’NeuronType.xls’)

Importando datos desde archivos de Excel…Terminado
Nombres y posiciones extraidos: 279 neuronas encontradas

Extrayendo matriz de conectividad neurona-neurona (A)…
1000 entradas leidas
2000 entradas leidas
3000 entradas leidas
4000 entradas leidas
5000 entradas leidas
6000 entradas leidas
Neurona VC06 no encontrada. Conecta con NMJ.
Finalizado: 6417 entradas leidas. Matriz A generada.
Comprobación de simetría de A_ej: Correcto.
Comprobación de sinapsis químicas enviadas = sinapsis químicas recibidas: Correcto.
Conexiones eléctricas: 1777.
Conexiones químicas únicas: 2430.
Conexiones químicas múltiples: 3964.
Uniones neuromusculares: 1409.

Extrayendo matrices de conectividad neurona-organo (S y M)…
Hay más uniones neuromusculares en NeuronConnect que conexiones neurona-músculo en NeuronFixedPoints para las siguientes neuronas:
ans =
‘PLNL’
‘VA09’
‘VB10’

NOTA: El 6 de junio de 2009 comprobé que esto se da para las neuronas PLNL, VA09 y VB10 en
los archivos de Excel originales. Para estas neuronas, no es un error del programa de extacción.
Finalizado: 650 entradas leidas. Matrices S y M generadas, con 108 órganos.
Conexiones a sensores: 86.
Conexiones a músculos: 1865.1.

todas =
nombres: {279×1 cell}
pos_real: [279×1 double]
ganglios: [279×1 double]
nombres_ganglios: {1×10 cell}
ambiguity: {279×1 cell}
cod_amb: [279×1 double]
cod_amb2ambiguity: {‘None’ ‘MB’ ‘MTS’ ‘MAS’ ‘MD’ ‘MAD’ ‘MS’ ‘RDI’ ‘RDM’ ‘RVI’}
A_ej: [279×279 double]
A_chem: [279×279 double]
S: [279×108 double]
M: [279×108 double]
f: [1×108 double]
nombres_organos: {1×108 cell}

 

NOTE: The argument factor_poly was 1 by default. Therefore, no distinction is made between single chemical synapses and multiple chemical synapses.

DIFFERENCES WITH THE OLD DATA:
– Chemical synapses were repeated, to symmetrize.
– Electrical synapses were divided by two, in order to count them only once (maybe not so good idea, because the equation for the cost already takes this into account?). Here, I keep them as they are.